Contexte de financement
Basecamp Research Ltd. a annoncé une levée de fonds de 140 millions de dollars en série C, menée par S32, le fonds affilié à Bill Maris, co‑fondateur de Google. Parmi les plus d’une douzaine d’investisseurs figurent NATO, Nvidia Corp. et l’Anthology Fund, joint‑venture de 100 M$ entre Anthropic PBC et Menlo Ventures. Ce financement vise à accélérer le développement de la plateforme d’intelligence artificielle dédiée à la découverte de médicaments, ainsi qu’à élargir les partenariats avec les laboratoires pharmaceutiques.
Architecture du modèle EDEN et jeu de données
Le produit phare de Basecamp, baptisé EDEN, est un modèle de fondation contenant 28 milliards de paramètres. Il a été entraîné sur le « Trillion Gene Atlas », un jeu de données propriétaire rassemblant plus de 100 milliards de gènes, construit en collaboration avec Anthropic, Nvidia et d’autres partenaires. La taille du modèle et la densité du jeu de données permettent d’apprendre des corrélations complexes entre séquences génomiques et fonctions cellulaires, dépassant les capacités des modèles de taille moyenne habituellement employés en bio‑informatique.
Application aux thérapies cellulaires in‑vivo
EDEN est destiné à soutenir la conception de thérapies cellulaires in‑vivo, où les cellules du patient sont modifiées directement. Le processus implique l’insertion de séquences d’ADN thérapeutiques dans les double‑hélices de la cellule, qui mesurent environ sept pieds de long lorsqu’elles sont déroulées. Basecamp propose d’utiliser de grands recombinases sérines, dérivés de bactériophages, comme vecteurs de livraison. Le modèle prédit également les réponses immunitaires potentielles aux modifications génomiques, réduisant ainsi le risque de rejet ou d’inflammation.
Analyse des défis et perspectives
Malgré la puissance de 28 Mrd de paramètres, plusieurs limites subsistent. La densité du jeu de données, bien que massive, repose sur des annotations qui peuvent varier en qualité, ce qui impacte la fiabilité des prédictions. De plus, la manipulation in‑vivo des hélices d’ADN nécessite un contrôle précis du découpage et de la recombinaison, processus encore sujet à des inefficacités biologiques et à des effets hors‑cible. L’utilisation de recombinases sérines, bien que prometteuse, doit être validée à grande échelle pour garantir une insertion stable et non toxique. Enfin, le modèle devra être intégré dans des flux de travail réglementés, où la traçabilité des décisions algorithmiques est exigée. Le capital levé devrait permettre d’investir dans des essais précliniques, d’étendre les collaborations pharmaceutiques et d’améliorer les pipelines de validation, tout en confrontant les défis de reproductibilité et de sécurité inhérents aux thérapies géniques.
