Présentation du Drug Design Engine

Isomorphic Labs présente son Drug Design Engine (IsoDDE), un système de conception de médicaments informatique qui dépasse les capacités d'AlphaFold 3 en termes de précision prédictive et introduit de nouvelles fonctionnalités pour combler le fossé entre la prédiction de structures et la découverte de médicaments dans le monde réel.

Fonctionnement et architecture

L'IsoDDE est conçu pour fournir une fondation scalable pour la conception de médicaments basée sur l'IA, offrant la fidélité prédictive nécessaire pour naviguer dans de nouveaux systèmes biologiques avec une précision sans précédent. Il peut prédire avec précision les structures de protéines et les affinités de liaison des petites molécules, et identifier les poches de liaison sur les protéines cibles en utilisant uniquement la séquence d'acides aminés en entrée.

Implications et limites

Les résultats montrent que l'IsoDDE plus que double la précision d'AlphaFold 3 sur un benchmark de prédiction de structure de protéine-ligand, et prédit les affinités de liaison des petites molécules avec une précision qui dépasse les méthodes physiques basées sur la physique, mais à une fraction du temps et du coût. Il peut également identifier avec précision les poches de liaison sur les protéines cibles, même en l'absence d'un ligand connu.

Exemples et applications

Un exemple de l'utilisation de l'IsoDDE est la prédiction de la structure de la protéine céréblone, qui joue un rôle clé dans la dégradation des protéines endommagées ou mal repliées. L'IsoDDE a pu prédire la découverte d'une nouvelle poche de liaison sur cette protéine, qui avait été récemment découverte expérimentalement. Cela montre le potentiel de l'IsoDDE pour accélérer la découverte de médicaments et améliorer notre compréhension des mécanismes biologiques.

Runs N' Poses' benchmark (Škrinjar et al. 2025)

Ce benchmark a été utilisé pour évaluer la capacité de l'IsoDDE à généraliser à des structures de protéine-ligand qui sont très différentes de celles de son ensemble d'entraînement. Les résultats ont montré que l'IsoDDE plus que double la précision d'AlphaFold 3 sur les systèmes les plus difficiles.